توسط بنیاد ملی علم ایران «برنامه جامع مهر؛ مدیریت، هدایت و راهبری پژوهش‌های سیستمی» در حوزه کلان‌چالش‌های کشور اجرا می‌شود. برنامه‌ای که با هدف سامان‌دهی علمی، هدایت یکپارچه و پیشبرد مأموریت‌محور تحقیقات ملی طراحی شده است و قرار است نقش بازوی تخصصی بنیاد را در مدیریت فراخوان‌های کلان ایفا کند.

این فراخوان به مؤسسات علمی و پژوهشی معتبری اختصاص دارد که پیش‌تر کلان‌چالش‌های کشور را به زیرپروژه‌هایی تفکیک کرده و از توانایی لازم برای هدایت پروژه‌های پیچیده برخوردار هستند.

این رویکرد تازه با هدف اجرای سیستماتیک برنامه‌های جامع تحقیقاتی مرتبط با اقدامات سیاستی تدوین شده است و انتظار می‌رود مراکز منتخب «مهر» بتوانند مدیریت کامل هر برنامه جامع را از جانب بنیاد برعهده گیرند؛ از شکل‌دهی همکاری چندجانبه میان ذی‌نفعان و طراحی فراخوان‌های بعدی گرفته تا هدایت علمی پروژه‌ها، نظارت بر اجرای آنها و یکپارچه‌سازی نتایج متنوعی که از زیرپروژه‌ها تولید می‌شود.

در بخش فنی فراخوان، بنیاد ملی علم ایران محور اصلی این برنامه را «مدیریت و هدایت پژوهش‌های سیستمی» معرفی کرده است؛ پژوهش‌هایی که بر مدل‌سازی پیچیدگی و شبیه‌سازی رفتار سامانه‌های بزرگ استوارند و باید با رویکرد تفکر سیستمی طراحی شوند. از متقاضیان خواسته شده مدل‌سازی را فراتر از تحلیل‌های خطی انجام دهند و ضمن تعریف مرزهای سیستم، اجزای کلیدی، تعاملات میان زیرسیستم‌ها و تحول این روابط را در طول زمان تشریح کنند.

در این چارچوب، توضیح دلیل انتخاب روش مدل‌سازی-اعم از پویایی‌شناسی سیستم، مدل‌سازی مبتنی بر عامل، تحلیل شبکه‌های پیچیده یا رویکردهای بهینه‌سازی-از الزامات هر پیشنهاده اعلام شده است. همچنین تأکید شده که مدل‌سازی باید رفتارهای بنیادی سامانه‌های پیچیده را در شرایط گوناگون شامل اثرات آبشاری، نقاط واژگونی و آستانه‌های بحرانی، ناپایداری شتاب‌گیرنده، واگرایی سناریوها و چرخه‌های معیوب ناشی از عدم‌قطعیت‌ها بررسی کند تا نتایج نهایی قابلیت ارائه به سیاست‌گذاران و تصمیم‌گیران را داشته باشد.

مراکز علمی مجاز هستند تا پیشنهاده‌های خود را در حوزه هر یک از کلان‌چالش‌های کشور و در قالب یک چکیده تفصیلی که ابعاد فنی، اقتصادی، اجتماعی، فرهنگی و حکمرانی را دربرگیرد، ارائه کنند. پیش‌تر نیز بنیاد دو فراخوان تخصصی مراکز «مهر» را برای حوزه‌های تاب‌آوری شهری و تورم منتشر کرده بود و اکنون این فراخوان با دامنه‌ای گسترده‌تر به‌صورت دائمی در تمام سال فعال است.

براساس روند تعیین‌شده، متقاضیان ابتدا باید چکیده تفصیلی پیشنهاده خود را در سامانه مدیریت پژوهش کایپر بارگذاری کنند؛ چکیده‌ای که شامل ارزیابی عملکرد مرکز در حوزه کلان‌چالش انتخابی و خلاصه رویکرد پیشنهادی باشد. پس از ارزیابی اولیه و تأیید صلاحیت، مراکز واجد شرایط باید پیشنهاده کامل خود را مطابق دستورالعمل بنیاد تهیه کنند.