قانون جهش تولید دانش‌بنیان ابزاری برای توسعه تحقیق و پژوهش و پایه‌ریزی توسعه پایدار در کشور محسوب می شود و سازوکارهای قانونی و کاهش مشکلات پیش روی این اهداف را مشخص کرده است.

مهم‌ترین ابزاری که برای اجرایی شدن کامل این قانون تعریف شده؛ آیین‌نامه‌های اجرایی است که به همه دستگاه‌های دولتی ابلاغ شده تا با رفع کاستی‌های قانون و موانع پیش روی کسب و کارها، تحقق اقتصاد دانش‌بنیان را سرعت بخشند.

معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش‌بنیان ریاست جمهوری هر ساله اسامی کالاهای معاف از مالیات شرکت‌های دانش‌بنیان را به سازمان امور مالیاتی ارایه می‌دهد. در قانون جهش تولید دانش‌بنیان نیز بر ارائه تسهیلات مالیاتی به این مجموعه ها تاکید شده است.

در آیین‌نامه تاکید شده است که سازمان امور مالیاتی کشور موظف است در اجرای ماده 11 قانون جهش تولید دانش‌بنیان؛ معادل هزینه‌های تحقیق و توسعه شرکت ها و موسسات متقاضی را که به تایید معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش‌بنیان ریاست جمهوری رسیده است به عنوان اعتبار مالیاتی محسوب کند؛ به نحوی که معادل هزینه‌های تحقیق و توسعه از سرجمع اعتبار مالیاتی همان سال یا سال‌های آتی شرکت‌های یاد شده کم شود.

سازمان امور مالیاتی کشور مکلف است ظرف 3 ماه از تاریخ این ایین‌نامه نسبت به تدوین دستورالعمل اجرایی ماده 167 قانون مالیات‌های مستقیم درخصوص تقسیط مالیات شرکت‌های دانش‌بنیان و فناور و اجرای ابلاغ اقدام کند.