معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری سعی دارد در حد توان برای جزئی‌ترین مشکلات شرکت‌های دانش بنیان و خلاق نیز برنامه و نقشه راه ترسیم کند. با توجه گلایه‌های برخی از فعالان عرصه دانش و فناوری از سود بالای تسهیلات بانکی، معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری برای اولین بار در کشور طرحی را به اجرا گذاشته است که بر اساس آن به سود تسهیلات پرداختی به این شرکت‌ها، یارانه تعلق می‌گیرد.

در واقع به منظور دستیابی به اهداف صادراتی معاونت علمی و فناوری ریاست‌جمهوری در توسعه صادرات محصولات و خدمات دانش‌بنیان و خلاق به شرکت‌های دانش‌بنیان و خلاق، یارانه سود تسهیلات اعطا می‌شود. این یارانه از طریق صندوق‌های پژوهش و فناوری منتخب پرداخت شده و به تسهیلات دریافتی با موضوع صادرات و انتقال فناوری تعلق می‌گیرد.

یارانه سود تسهیلات، مبلغی است (تا سقف 60 میلیون تومان) که در صورت دریافت تسهیلات صادراتی یا انتقال فناوری از بانک‌ها، صندوق‌ها و نهادهای مالی و رعایت شرایط مندرج در مصوبه یارانه تسهیلات، شرکت مشمول استفاده از آن یارانه خواهد شد.

معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری از معدود نهادهایی است که برای سود تسهیلات بانکی اعطاء شده به محصولات نوآور، یارانه تخصیص می‌دهد. بسیاری از تولید کنندگان معمولاً از میزان بالای سود تسهیلات بانکی و جرائم دیرکرد گله مند هستند

برخی نوسانات در جریان فروش و بازگشت ارز حاصل از صادرات و یا هر مشکل دیگری ممکن است جریان نقدینگی یک بنگاه اقتصادی را با چالش مواجه سازد. این مسئله باعث می‌شود که پرداخت اقساط تسهیلات دریافتی با تاخیر مواجه شود.

معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری، برنامه‌ای را طراحی کرده است که بر اساس آن شرکت‌های دانش بنیان و خلاق می‌توانند از یارانه سود تسهیلات تا سقف 60 میلیون تومان برخوردار شوند. بر اساس این طرح شرکت‌های برتر صادراتی که سالانه بیش از 1 میلیون دلار صادرات داشته باشند از یارانه بیشتری برخوردار خواهند بود.

همچنین برابر قانون، یارانه به تسهیلاتی تعلق می‌گیرد که سود آنها معادل و یا حداکثر ۰.۵ درصد بیشتر از مصوبه شورای پول و اعتبار باشد.